濉溪周围地势低洼，又处于黄泛区，加之东有濉河，西有溪河，所以旧时水患频仍。溪河原于老城东汇入濉河，水从东来也汇入濉河的西流河相距甚近，每当汛期，溪河受洪峰侵入常倒灌成灾。为除此患，明嘉靖年间水利总督白昂治濉时，将溪河入濉之口堵死，使其移至濉溪南黄桥入濉。此举虽有所改善，但并未根除水患。清乾隆二十三年（１７５８年）安徽巡抚高晋勘修濉河，看到濉溪口“宛在水中”，于是便命凤阳知府项樟环濉溪城筑堤防水，民感其惠，称之为“项公堤”。直到清咸丰年间，朝廷拨款，将溪河改道引入巴河（今王引河），才基本解除此处水患。

　　明万历年间，徐溪口村民便在村四周挖壕筑圩，既防水又起防卫作用。清咸丰五年（１８５５年）捻军首领张乐行攻占濉溪口，此后为抵御捻军，沿水圩四周筑土城。光绪十二年（１８８６年）由地方绅士倡议，采取官府拨款、集市抽税、商民捐款捐工等办法，废土城建砖城，于光绪二十九年（１９０３年）竣工。城墙呈东西长、南北窄的不规则长方形，周长近３０００米。１９４７年第二次解放后，该城被全部拆除。

　　明代时濉溪仅为相城乡的一个农村集市，因为濉河水运之便，故商业日益兴盛，酿酒业也日益发展。清顺治三年（１６４６年）相城乡移驻于此；雍正八年（１７３０年）宿州州同移驻，旋撤；同治四年（１８６５年）凤颍同知署由南坪集移驻于此。清末修建城墙后，濉溪有大发展，作为小城镇，有居民约２０００余人。

　　建国后，１９５０年７月析宿县西部新设濉溪县，县治设于濉溪镇。１９７７年２月濉溪县由宿县地区划归淮北市。由于濉溪老城属采煤塌陷区，所以该县从７０年代后期起在符夹铁路以西的无煤地带建起三纵六横街道的新城，濉溪镇面积扩大成今状。